Održavati tako veliku, a umjetnički tako važnu katedralu, nipošto nije bilo jednostavno. Sama bazilika, a osobito objekti iz njezina neposrednog okruženja, dakako da su stradavali, što vremenom, što drugim faktorima. Međutim, pratimo li povijest Eufrazijeve bazilike možemo u njoj lako razabrati i neprestanu kroniku obnove te prilagođivanja ukusu i potrebama novoga vremena.

Iz dokumenata saznajemo o popravku krova bazilike u XIV. stoljeću, te o većim građevinskim zahvatima nakon potresa u XV. U istome je stoljeću podignuta nova zgrada sakristije, bile zazidane tri posljednje arkade zbog postavljanja korskih sjedala, otvoreni prozori u sporednim apsidama čime su stradali mozaici na njihovim zidovima. Atrij i baptisterij teško stradavaju u XVI. kada je atrij služio kao groblje u koje su ukapani umrli od kuge. U XVII. stoljeću biskup Tommasini opisuje dijelove Eufrazijeva kompleksa kao ruševine, s teško stradalim krovištem katedrale, a početkom XVIII. stoljeća katedrali prijeti potpuno urušavanje. Međutim, dokumenti također govore o brizi građana da spase najveću dragocjenost što su je od predaka baštinili.

Godine 1711. crkva je obnovljena pa je u njoj nakon stanovitog vremena opet bilo moguće obavljati službu. Prilikom obnove krovišta teško je u XVIII. st. stradao mozaik trijumfalnog luka, zatvoreni prozori povišenog srednjega broda, te otvoreni novi koji su odgovarali ukusu baroknog vremena. U XIX. se stoljeću započinju ispravljati neke građevinske pogreške ranijih vremena, obavljaju se restauracijski zahvati koji će se nastaviti i tijekom XX. st. U ovim će se restauracijama, a na mozaicima često i pretjeranim intervencijama, teško mijenjati izvorno stanje.