Bogorodica, smještena u gornjem dijelu apside, središnja je točke Eufrazijeve bazilike. Njoj na krilu sjedi mali Krist. Krist i Bogorodica su i središnje ličnosti kršćanstva. Postoji u kršćanskoj ikonografiji jedna točka gdje se ličnosti Bogorodice i Krista, njezina sina i Boga, najviše približavaju, štoviše sasvim prožimaju. To je Navještenje, trenutak u kojemu Bog ulazi u ljudsko, Marijino tijelo. Navještenje se u ikonografiji javlja na temelju Lukina Evanđelja, a dopunjuje ga apokrifno Jakovljevo protoevanđelje, apokrifno Pseudomatejevo Evanđelje, te iz kasnijeg vremena motivi iz propovjedničke i mističke književnosti.

U ikonografiji je navještenje prisutno vrlo rano i nalazimo ga već u IV. stoljeću u rimskim katakombama, da bi se u V. stoljeću razvilo kao opće prisutan tip: jasno normiranih položaja, gesta, izraza itd. Bogorodica se prikazuje u sjedećem položaju na prijestolju, obično s preslicom i pređom u ruci, a anđeo u hodu, odjeven u blještavu antiknu odjeću. Upravo je tako i u Poreču. Međutim, kako se radi o 540. godini, Justinijanovu vremenu i bizantskom duhu, Bogorodica je odjevena u bizantsko ruho, glave dijelom pokrivene velom zvanim maforion. Taj veo ima svoje značenje: on je simbol djevičanstva, a preuzet je vjerojatno iz sirijske umjetnosti. Marija sjedi na prijestolju čiji se stupovi stapaju sa stupovljem bazilike, dakle crkve. Taj prikaz ima izvore u komentarima svetog Ambrozija koji, govoreći o Navještenju iz Lukina Evanđelja, upućuje na vezu, identifikaciju Marije i Crkve. Točnije rečeno: kao što je Marija u činu navještenja ispunjena Duhom svetim, tako je to isto i Crkva.

U lijevoj ruci Marija drži purpurnu pređu, budući ju je anđeo zatekao u poslu. Ta činjenica iznenađenja prikazana je ovdje gestom Marijine desne ruke koju primiče pomalo nagnutoj glavi. Lijepa figura anđela, okrenutog u poluprofilu, što je bio i propis onoga vremena, desnom rukom pozdravlja, dok lijevom drži dugi glasnički štap. On je odjeven u blještavu antiknu odjeću čiji nabori slijede brz pokret tijela. Ta je kretnja iskazana razmaknutim stopalima, od kojih se desno oslanja prstima o tlo.

Nasuprot Navještenju u apsidi Eufrazijeve bazilike smješten je prikaz Vizitacije. Dva vitka ženska lika, Marija u purpurnoj i Elizabeta u žutoj odjeći, jasno pokazuju stanje graviditeta. Iza Elizabete nalazi se pročelje zgrade kroz čija vrata proviruje djevojački lik s rukom primaknutom ustima. Ta gesta, puna ljupke znatiželje, daje dvama glavnim likovima još dostojanstveniji i svečaniji dojam. Marija i Elizabeta pripadaju drugoj hijerarhiji likova: one su nebeske izabranice koje u svom tijelu nose velike protagoniste koji će mijenjati sudbinu svijeta i vremena. Između ova dva glavna prizora iz Marijina života, u središnjem su dijelu apside i u zasebnim poljima odijeljenim prozorima, smješteni likovi svetog Zaharije, anđela i svetog Ivana Krstitelja.

U donjem dijelu trijumfalnog luka nalazi se trinaest okruglih medaljona. U središnjem je prikazan Krist kao Agnus Dei, dok se sa svake strane, njih šest i šest, spuštaju prikazi svetica s ispisanim imenima. Kao završni dio mozaika, na čeonom zidu apside, smješten je friz što ga čine gotovo jednaki likovi apostola s Kristom u sredini. Krist je prikazan kao mladi vladar koji, sjedeći na globusu, gospodari kozmosom. Apostoli pak u monotonom ritmu i simetrično sa svake strane uokviruju središnju figuru božanskog vladara. Oni u rukama zakrivenim plaštem drže atribute, a između okruglih aureola stoje natpisi s njihovim imenima.

U gornjim zonama pobočnih apsida ostali su također sačuvani fragmenti mozaika s gotovo identičnim prikazima: velika figura Krista izranja iz stiliziranih oblaka i stavlja lovorove vijence na glave dvojici mučenika.

Mozaici nisu prekrivali samo unutrašnjost crkve, već ih nalazimo i izvana, na pročelju iznad narteksa. Iz sačuvanih dijelova teško se može stvoriti dojam prvotnog izgleda, budući da su mozaici ovdje u gornjem dijelu gotovo sasvim iščezli, a u donjemu izmijenjeni restauracijom s kraja XIX. stoljeća. Uništeni mozaici u zabatu imali su prikaz Krista kako sjedi na globusu ispod kojeg teku stilizirane četiri rajske rijeke, a s lijeve su strane bila po četiri apostola. Donji dio donosi u rubnim poljima po dva apostola, dok je u dva središnja, odijeljena prozorom, prikazano sedam apokaliptičkih svijećnjaka.