Ulazni dio u samu baziliku čini narteks koji je izveden na mjestu ranije ulice, a prostor ispred narteksa pripada lijepom otvorenom atriju kvadratične osnove. Nasuprot ulazu u baziliku smješten je baptisterij. Ta građevina osmerokutnog tlocrta potječe iz Predeufrazijeva vremena i oslanja se na arhitekturu kasnoantičke tradicije. Struktura zida i drvena konstrukcija krovišta djelo su domaćih graditelja.

Uz sjeveroistočni kut bazilike izgrađena je memorijalna kapela kojoj tlocrt pomalo odudara od ostalih građevina iz njezina neposrednog susjedstva. Trolisni tlocrt kapele, u kojoj su se čuvale relikvije, ima ispred svog ulaza ovalno predvorje. Izvana su tri polukružne apside kapele dobile poligonalni oblik, a na čitavoj su građevini obavljeni u XIX. stoljeću veći restauracijski poslovi.

I atrij, i baptisterij, baš kao i dijelovi ziđa bazilike, preuzeti su dobrim dijelom od građevina koje je Eufrazije tu zatekao. Međutim, adaptacije i još više nova organizacija cjeline govore o vrlo preciznom konceptu na kome je biskup oblikovao svoj veliki kompleks. I upravo taj koncept odaje duh novoga vremena i Eufrazijeva smjelog vizionarstva.

Vidljivije znakove prisutnosti i Eufrazija, ali i duha Istoka, naći ćemo na bogatoj dekoraciji unutrašnjosti bazilike. Brodove međusobno dijele dva niza od devet arkada koje se na svom zapadnom i istočnom kraju vezuju s pilastrima na zidu. Arkade tvore stupovi od sivog mramora koji počivaju na lijepo oblikovanim bazama, a u gornjem dijelu završavaju kapitelima iznad kojih su imposti s okruglim medaljonima u kojima je uklesan Eufrazijev monogram.

Kapiteli nas na nedvosmislen način upućuju na podrijetlo Eufrazijevih estetskih nazora. Bilo da se na osebujan način variraju korintski kompozitni kapiteli, bilo da se plohe obrnute krnje piramide rastvaraju bogatim perforacijama koje tvore ornamente nalik pleteru ili stiliziranoj vegetaciji, iz njih se uvijek jasno razabire rafiniranost visoke bizantske umjetnosti. Tom plastičkom inventaru Eufrazijeve bazilike treba dodati i niz mramornih ploča ograde ukrašenih plitkim reljefima sa simboličkim prikazima (križevi, monogrami, ptice, jeleni, kantarus, stilizirani rogovi). U arkadama na sjevernoj strani sačuvana je također i štukatura koja je u prvotnom obliku bila bojana. Tom vizualnom blještavilu treba dodati i inkrustacije u donjem dijelu apside. Komadi raznobojnog mramora i sedefa popločavaju zidove tvoreći maštovite ornamente.

U apsidi su smještena i mramorna sjedala za svećenike koja sa strane zatvaraju mramorne ploče s reljefima delfina, dok se u sredini polukruga uzdiže biskupska katedra.